Blisko 50-letnia historia dzisiejszej Katedry i Zakładu Psychoterapii zaczęła się w 1974 roku od jednej z pierwszych w Polsce prób realizacji modelu kompleksowej, intensywnej psychoterapii zaburzeń nerwicowych, podjętej przez (wówczas doktora) Jerzego W. Aleksandrowicza, początkowo w Klinice Psychiatrii Dorosłych AM przy ul. Kopernika 21. Dzięki porozumieniu prof. dra hab. Adama Szymusika (ówczesnego Kierownika Katedry Psychiatrii) z dyrekcją ZOZ nr 1 w Krakowie (dr Andrzej Wiśniewski i dr Zofia Kulig) oraz między AM a Wydziałem Zdrowia, 15.09.1975r. powstał Ośrodek Leczenia Nerwic należący ZOZ nr 1 Śródmieście, który stanowił bazę terapeutyczną dla utworzonej jednocześnie Pracowni Psychoterapii Katedry Psychiatrii. Pierwszym miejscem jego działania, rozpoczętego 01.02.1976r., był budynek przy ul. Łobzowskiej 49, gdzie 01.07.1976 powstał Oddział dzienny mający 33 miejsca i Ośrodek terapii prowadzonej popołudniu, dysponujący 10 miejscami. W 1985r. Pracownię Psychoterapii przekształcono w Zakład Psychoterapii Katedry Psychiatrii AM. Od 02.11.1989 uruchomiono leczenie ambulatoryjne w Poradni Ośrodka Leczenia Nerwic.
Warto podkreślić, że jednocześnie podobny model intensywnej, kompleksowej terapii zaburzeń nerwicowych został wdrożony w wielu miastach, m. in. w Warszawie, Łodzi, na Śląsku. Liczna grupa, obecnie już bardzo doświadczonych psychoterapeutów, uzyskała pierwsze doświadczenia (staże i szkolenia podyplomowe) w naszej instytucji. W oparciu o nią działa jeden z najstarszych atestowanych kursów przygotowujących do uzyskania Certyfikatu Psychoterapeuty Polskiego Towarzystwa Psychiatrycznego.
W 1991 roku, z powodu zmian lokalowych, utraty lokalu na ul. Łobzowskiej 49 oraz likwidacji ZOZ nr 1 (Śródmieście) ówczesny Wojewódzki Ośrodek Leczenia Nerwic Szpitala im J.Babińskiego (baza terapeutyczna Zakładu Psychoterapii Katedry Psychiatrii AM do maja 2003), został przeniesiony na ul. Lenartowicza 14 (gdzie Zakład Psychoterapii i późniejsza Katedra Psychoterapii działają do dzisiaj).
W 1998 roku powstała Katedra Psychoterapii UJ CM. Jej pierwszym kierownikiem został założyciel Pracowni i kierownik Zakładu Psychoterapii prof. dr hab. Jerzy W. Aleksandrowicz, w latach 2006-2008 funkcję kierownika Katedry pełnił prof. dr hab. Jacek Bomba, od 01.08.2008r Katedrą kieruje oraz kierownikiem Zakładu Psychoterapii SU jest prof. dr hab. Krzysztof Rutkowski.
Od maja 1998 w połączeniu z WOLN działał jako baza dydaktyczno-usługowa Katedry, także Zakład Psychoterapii Szpitala Uniwersyteckiego (początkowo jako drugi oddział dzienny liczący 10 miejsc), od maja 2003 (po likwidacji WOLN) Zakład Psychoterapii Szpitala Uniwersyteckiego składa się z oddziału dziennego liczącego 45 miejsc oraz Poradni (Ambulatorium).
Od ponad 40 lat (od 1978 roku) prowadzona jest dydaktyka przeddyplomowa na Wydziale Lekarskim UJ CM w zakresie psychiatrii i psychopatologii zaburzeń nerwicowych obejmująca 5 godzin zajęć (ćwiczeń) obligatoryjnych dla studentów V roku medycyny, a od 1997 roku kolejny obligatoryjny przedmiot – psychoterapia (początkowo, w latach 1982-1996 roku stanowiący fakultet na IV-V roku medycyny), obecnie liczący 20 godzin zajęć wykładowych i ćwiczeń realizowanych dla IV roku. Ponadto prowadzone są dwa fakultatywne przedmioty: od 1993 roku Podstawy psychoanalizy, a od 2018 roku Techniki: hipnoza, sugestia, trening autogenny. Wprowadzenie do zastosowania technik projekcyjnych, techniki wyobrażeniowe. Obydwa przedmioty skierowane są dla studentów medycyny V-VI roku.
W zakresie dydaktyki podyplomowej w Katedrze prowadzone są od 1993 roku czteroletnie kursy psychoterapii, obecnie (od 2002) realizowane we współpracy ze Medycznym Centrum Kształcenia Podyplomowego UJ CM, natomiast od 2006 roku także kursy Podstawy kontaktu psychoterapeutycznego oraz Kliniczne zastosowanie psychoterapii oraz aktualny kurs specjalistyczny Podstawy psychoterapii.
Drugi atestowany kurs psychoterapii Polskiego Towarzystwa Psychologii Analitycznej, organizowany jest we współpracy z International Association of Analytical Psychology pt. PSYCHOLOGIA ANALITYCZNA (PODEJŚCIE JUNGOWSKIE).